Попечительский совет – один из центральных органов фонда целевого капитала, не менее важный, чем непосредственно правление. Попечительский совет предварительно согласует финансовый план фонда, дает рекомендации по выбору управляющей компании, определяет назначение дохода от целевого капитала, контролирует выполнение финансового плана и, что особенно важно, является той платформой, на которой встречаются и ведут совместную работу представители фонда и жертвователи. В России, в отличие от зарубежной практики, эндаумент-фонды не имеют права самостоятельно инвестировать средства, а должны передать их в доверительное управление управляющей компании.